Het museum is ontstaan uit het 's Rijks Ethnographisch Museum in Leiden dat is geopend in 1837. Koning Willem I gaf echter al geleerden de opdracht om collecties te verzamelen in landen als China, Indonesië en Japan. De arts Philipp Franz von Siebold heeft rond 1825 veel Japanse voorwerpen verzameld. Tot voor kort heette het Museum Volkenkunde 'Rijksmuseum voor Volkenkunde'.

De collectie bevat een groot aantal voorwerpen uit Afrika, Groenland, China, Indonesië, Japan, Korea, Latijns-Amerika, Noord-Amerika, Oceanië, Zuidwest-, Zuid-, Centraal en Zuidoost-Azië. Er is veel aandacht voor de historische ontwikkeling van culturen. Veel van de tentoongestelde voorwerpen zijn dan ook antiek, zo is er een ongeveer 1300 jaar oud Boeddha-beeld.