In het museum is een trekschuit voor de pleziervaart te zien en de Koningssloep. Dit is een galei uit 1816 waarmee de koninklijke familie zich bij bijzondere gelegenheden liet vervoeren. Koningin Juliana en prins Bernard hebben het schip nog gebruikt bij hun zilveren huwelijk in 1962.

Aan een steiger bij het museum liggen drie historische schepen afgemeerd, en een replica van de Oost-Indiëvaarder Amsterdam. In 1985 werd er begonnen met de bouw van de replica op basis van recente opgravingen bij het wrak van het originele schip dat dateert uit 1749. De replica is een onderdeel van het museum, met onder andere enkele ingerichte ruimtes om zo een beeld te geven van het werk en leven op het schip.