Er zijn vele soorten en maten musea, variërend van internationaal befaamde tot lokale musea met een beperkte opzet en collectie. De belangrijkste musea van Nederland zijn de rijksmusea. Er zijn of waren negentien rijksmusea in Nederland (zie de lijst van rijksmusea in Nederland). Enkele musea hebben deze status inmiddels verloren. In 2011 wordt een nieuw rijksmuseum toegevoegd: het Nationaal Historisch Museum in Arnhem.

Op een lager schaalniveau zijn er vele provinciale of regionale musea die een provinciale of regionale uitstraling bezitten, waaronder het Groninger Museum en het Centraal Museum in Utrecht. Deze zijn vaak in bezit van overheidsinstellingen, evenals de gemeentemusea die sommige steden hebben (w.o. grote musea als het Stedelijk Museum in Amsterdam en het Gemeentemuseum in Den Haag.) Tenslotte zijn er vele, vaak kleine particuliere musea. Meestal is een stichting of vereniging tegenwoordig de eigenaar en/of beheerder van zo'n museum. De meeste oudere musea zijn veelal begonnen als verzamelingen van curiosa of kunstvoorwerpen van aristocraten en rijke particulieren (de zogenaamde wonderkamers of kunstkamers). Zo was het oudste bestaande museum in Nederland, het Teylers Museum uit 1784 in Haarlem, oorspronkelijk een privéverzameling van de rijke koopman Pieter Teyler van der Hulst (1702-1778). Ook tegenwoordig komt het nog voor dat een museum ontstaat op particulier initiatief, zoals het Scheringa Museum voor Realisme in Spanbroek.

Musea kunnen ook verdeeld worden naar collectie. Van oudsher hadden musea voornamelijk voorwerpen van kunst en/of wetenschap in huis. Later kwamen er ook musea rond andere thema's, waaonder (met telkens een Nederlands voorbeeld):

- techniek (Evoluon, Eindhoven)
- vervoer (Spoorwegmuseum, Utrecht)
- volkenkunde (Rijksmuseum voor Volkenkunde, Leiden)
- natuur (Naturalis, Leiden)
- oorlog en wapens (Legermuseum, Delft)
- scheepvaart (Nederlands Scheepvaartmuseum, Amsterdam)
- geschiedenis, waaronder openluchtmusea (Nederlands Openluchtmuseum, Arnhem)
- archeologie (Allard Pierson Museum, Amsterdam)